Introduction WGCNA(WeiGhted Correlation Network Analysis) 논문을 보다가 Topology Overlap Matrix의 이해를 돕고자 간단하게 메모하면서 정리하는 글이다. 다음 논문들을 참고하였고, 실제 내용은 (Zhang and Horvath 2005)의 2.4절을 정리한 것이다. (Langfelder a...

내가 담당하는 일은 아니지만, 연구실에서 2년전부터 ANSYS Fluent를 사용하고 있다. 그동안의 사용방식은 GUI로 바로 실행하는 형태였는데, 효율적 HPC 자원 관리를 위해 잡스케줄러를 사용해서 batch mode로 전환하고자 한다. ANSYS는 프로그램의 사이즈 치고는 공개된 문서가 찾기 힘들고 리셀러 홈페이지에서 문서보기도 좀 복잡하기도 ...

오랫동안 연구실에서 서버관리를 담당해왔다. 처음에는 단순 서버 on/off 정도만 하는 일이었는데, 별것도 아닌걸로 업체 통하면 시간도 오래걸리고 설명하기도 복잡하다보니 내가 처리하게 되었다. 그러다보니 점점 일이 늘어나서 서버 구축포함 대부분의 이슈를 내 선에서 해결하고자 노력하고 있다. 그런데 처음에는 다들 Fortran만 써서 상관없었지만 연구...

생각외로 많은 이공계 학생들이 프로그래밍을 못한다. CS가 아니면 대부분.. 특히 시뮬레이션 위주의 과학계산 연구를 하는 사람들도 알고리즘 자체는 복잡하지만 코드 아키텍처는 간단한 프로그래밍을 주로 한다. OOP니 FP니 없어도 Init - Read - Compute - Write 구조의 코드로 수십년동안 시뮬레이션 하는 경우도 있다. 오랫동안 대학원...

(This content is originally written by Kyongmin Yeo’s manual) Introduction The small scale statistics of turbulence are important research topic. Small-scale behavior in turbulent flows tends to...

What do I need to install tox : virtualenv for testing tox-pyenv : pyenv plugin for tox pytest : testing framework pipreqs : generates requirements.txt What do I need to do Che...

(This content is originally written by Kyongmin Yeo’s manual) Introduction The spectral method is solving certain differential equation by some “basis function”, typically sinusoids with Fourier ...