Topology Overlap Matrix

Introduction

WGCNA(WeiGhted Correlation Network Analysis) 논문을 보다가 Topology Overlap Matrix의 이해를 돕고자 간단하게 메모하면서 정리하는 글이다. 다음 논문들을 참고하였고, 실제 내용은 (Zhang and Horvath 2005)의 2.4절을 정리한 것이다. (Langfelder and Horvath 2008; Zhang and Horvath 2005)

Measure of Node Dissimilarity

논문에 나온대로 Co-expression network analysis의 목적은 node이 tightly connected이 되었는지 감지하여 clustering하는 것이라고 할 수 있다. (Zhang and Horvath 2005). 이를 위해 clustering method와 함께 node dissimilarity measure를 사용한다.

이중에서 Ravasz algorithm을 사용한다 (Ravasz et al. 2002). Ravasz algorithm은 similarity measure을 기준으로 쓰여져있지만, WGCNA에서는 dissimlarity measure를 사용한다. 이는 simliarity measure를 먼저 정의한 다음 이를 반전시키는 방법을 쓰면 된다.

The topological overlap matrix (TOM), \(\Omega = [\omega_{ij}]\) 는 다음과 같이 정의한다.

The Topological Overlap Matrix (TOM) in Ravasz Algorithm

Node simliarity는 어떻게 정의될 수 있을까? 위 식이 어떻게 정의가 되게 되었는지 이해가 안돼서 이 글을 쓰게 되었고, Ravasz algorithm을 찾아보았다 (Ravasz et al. 2002).

• 노드의 connectivity가 높다면, 다시말하면 clustering이 이루어진다면 공유하는 이웃 노드(neighbor)들도 많을 것이다.
• 하지만 단순히 neighbor의 개수는 simlarity의 척도가 되지 못한다. normalization을 안했기 때문에 비교하기가 힘들기 때문이다.

• 따라서 노드의 각 페어를 \(i, j\)라 하면, TOM은 neighbor의 개수를 connectivity로 나누어주어야 한다. 이게 Ravasz algorithm에서 정의하는 TOM이다. Ravasz 논문에서의 notation을 그대로 가져다 쓰면 다음과 같이 표현할 수 있다.

  \[\Omega_{ij} = \dfrac{J_{ij}}{\min{\{k_i, k_j\}}}\]

  \(J_{ij}\)는 노드 \(i\)와 \(j\)가 공유하는 neighbor의 개수, \(k_i\) 는 \(i\) 노드에서 다른 노드로의 direct connection의 개수라고 할 수 있다 (node connectivity).

The Topological Overlap Matrix (TOM) in WGCNA

WGCNA에서는 위에서 정의한 TOM을 확장하여 다음과 같이 정의한다.

\[\omega_{ij} = \dfrac{l_{ij} + a_{ij}}{\min{\{k_i,k_j\}}+1-a_{ij}}\]

\(l_{ij}=\sum_u a_{iu} a_{uj}\)이며 \(k_i = \sum_{u} a_{iu}\)는 node connectivity를 나타낸다. \(l_{ij}\)는 Ravasz algorithm에서의 neighbor의 수, 즉 \(J_{ij}\)에 해당함을 알 수 있다. \(a_{ij}\)는 adjacency matrix의 weight이다. shared되는 neighbor수에 weight를 주고싶다면 \(0<a_{ij}<1\)의 값을 주면 되는 것이고, 그렇지 않다면 0 혹은 1을 주면 된다.

Extreme of \(\omega_{ij}\)

unweighted network라고 할 때 \(\omega_{ij}\)의 극단적인 케이스는 논문에 나온 것처럼 다음과 같다.

• \(\omega_{ij}=1\)
  1. 노드 \(i, j\) 중에서 더 적은 노드를 \(i\)라고 할 때 (\(\min{\{k_i,k_j\}}\) 때문), 노드 \(i\)의 모든 이웃 노드는 노드 \(j\)의 이웃이다.
  2. 그리고, \(i\)와 \(j\)는 연결되어있다.
• \(\omega_{ij}=0\)
  • 노드 \(i, j\)는 서로 연결되어 있지 않다.

Range of \(\omega_{ij}\)

\(0 \leq \omega_{ij} \leq 1\)인가? 그렇다.

Proof.

1. \(l_{ij} \leq \min{\{\sum_{u \neq j} a_{iu}, \sum_{u \neq i} a_{uj}\}}\) 이므로, \(l_{ij} \leq \min{\{k_i, k_j\}} - a_{ij}\) 이다. \(l_{ij}\)는 neighbor의 수이므로, 당연히 connectivity보다는 작을 수 밖에 없다.
2. 따라서 \(0 \leq a_{ij} \leq 1\)이므로 \(0 \leq \omega_{ij} \leq 1\)이다. 1.에서 \(\)\(l_{ij} \leq \min{\{k_i, k_j\}} - a_{ij}\)의 양변을 \(\min{\{k_i, k_j\}}\)로 나누면 자명하다.

Dissimilarity measure

결론적으로 심플하게 Similarity measure를 opposite하게 만들면 된다.

\[d_{ij}^\omega = 1 - \omega_{ij}\]

Reference

1. Zhang, Bin, and Steve Horvath. 2005. “A General Framework for Weighted Gene Co-Expression Network Analysis.” Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 4: Article17. https://doi.org/10.2202/1544-6115.1128.
2. Langfelder, Peter, and Steve Horvath. 2008. “WGCNA: an R Package for Weighted Correlation Network Analysis.” BMC Bioinformatics 9 (1): 559. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-559.
3. Ravasz, E., A. L. Somera, D. A. Mongru, Z. N. Oltvai, and A. L. Barabási. 2002. “Hierarchical Organization of Modularity in Metabolic Networks.” Science (New York, N.Y.) 297 (5586): 1551–55. https://doi.org/10.1126/science.1073374.